Considérée comme la plus ancienne église paroissiale de la ville, l'église aurait été fondée vers 400 par saint Aignan, évêque de Chartres, qui, selon la tradition, y aurait été inhumé. Proche du château qui domine alors le quartier de l'actuel marché couvert, Saint-Aignan est, durant la période féodale, la paroisse des comtes de Chartres. C'est une paroisse peu étendue mais assez riche, habitée en particulier par des gens de robe.
À la suite d'un incendie qui ravage le quartier vers le début du 16e siècle, l'église est entièrement reconstruite. On conserve seulement un portail du 14e siècle qui est enclavé au centre de la façade. Le vaisseau principal a été conçu pour être voûté de pierres mais les travaux n'ont jamais abouti. En fait, un simple bardeau de bois, sur lequel on peut lire la date de 1625, remplace la voûte primitivement conçue. Le clocher est resté inachevé. L'église conserve d'intéressants vitraux du début du 16e siècle auxquels sont associées des créations du 19e siècle d'esprit Renaissance.
Vendue en 1793 pour être démolie, elle fut sauvée par ses acquéreurs mais utilisée comme prison et magasin à fourrage ou dépôt.
Le culte n'y a été rétabli qu'en 1823. Des onze paroisses qui existaient à Chartres avant la Révolution, c'est la seule qui ait été rétablie. Jusqu'en 1878, la façade est restée à demi cachée par des maisons, ce qui explique l'emplacement désaxé de l'entrée.
Elle fut autrefois un ermitage, puis un prieuré dépendant de l'abbaye Saint-Florentin de Bonneval. La chapelle fondée au 9e siècle fut dédiée à saint Amand ou saint Éman. Saint Éman vivait au 6e siècle. Originaire de Cappadocce, il étudia à Rome, se rendit à Milan puis à Autun, de là à Orléans où il reçut les ordres, et enfin à Chartres où il opéra de nombreuses conversions. Il mourut assassiné près d'Illiers. La chapelle vendue pendant la Révolution, fut rachetée et réparée. Aujroud'hui, des expositions dédiées à la mosaïque y sont régulièrement présentées.
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